Selepas Müller menamatkan kerjaya bola sepaknya pada tahun 1982, tahap kesihatannya merosot dan beliau menghidapi alkoholisme iaitu ketagihan arak. Walau bagaimanapun, bekas sahabatnya di Bayern Munich memujuk beliau agar mengurangkan ketagihan terhadap minuman keras itu melalui pemulihan. Setelah itu, mereka memberikan pekerjaan kepada Müller sebagai jurulatih pasukan Bayern Munich II. Pada Julai 2008, Rieser Sportpark di Nördlingen, di mana Müller memulakan kerjayanya di situ ditukar namanya kepada Gerd-Müller-Stadion bagi menghargai jasanya.

Pada Oktober 2015, Müller disahkan menghidapi penyakit Alzheimer.[11]